1940年3月，在土伦改装后，她与战列舰布列塔尼号一起驶往加拿大，运送3000箱法国黄金。4月，她返回了地中海，此时意大利已经对法国宣战，阿尔及尔在6月炮击了热那亚。在法国投降前，她的最后一个任务便是为运输队护航。

1940年法国战败后，阿尔及尔继续为维西法国服务，她的基地设在土伦。她为维西法国海军执行的惟一一个任务就是为逃出奥兰的战列舰普罗旺斯号护航，将其送回土伦。1941年，她的副炮和防空火力得到了加强，1942年，她加装了雷达。

她一直在土伦，直到德国于1942年11月27日入侵所谓的自治区，她同其他的法国战舰一起凿沉在土伦。当时舰上被放置了炸药，德国人试图阻止并告诉法国人凿成战舰将违反停战协定。她的舰长通知德国人让其等待，他将请示上级，并同时点燃了燃料。当拉克鲁瓦将军赶到时，他下令疏散船员。当德国人准备登船时，他告诉他们这艘巡洋舰将要爆炸。最终该舰被炸毁并燃烧了20天。

1943年3月18日，意大利人将它打捞起来，但发现损伤过于严重已无法修复，遂将其拆解。